No ciclo da borracha, a extração do látex foi, sem dúvida, ponto decisivo na vida do município. A construção do transporte ferroviário (Estrada de Ferro Madeira-Mamoré) veio acelerar o povoamento local, contribuindo no incremento da agricultura, além do extrativismo vegetal proporcionado pela vasta e rica vegetação natural existente. Estes e outros fatores, também de relevante importância influíram na subsistência da localidade.
Em 30 de abril de 1912, foi concluída a Estrada de Ferro Madeira-Mamoré e inaugurada oficialmente em 1º de agosto do mesmo ano. Ainda naquele ano, a 8 de outubro, o Governo da Província de Mato Grosso instalou, na localidade, um posto fiscal, também com a incumbência de arrecadar impostos, sob as ordens do guarda Manoel Tibúrcio Dutra.
Em abril de
1917, chegou à região de Guajará-Mirim o capitão Manoel Teófilo da Costa Pinheiro, um dos membros da Comissão Rondon. Através dos meandros e lagos do rio Cautário, encontrou apenas algumas poucas centenas de seringueiros mourejando nos barracões da Guaporé Rubber Company, empresa que monopolizava a compra e exportação da borracha produzida na região, na época gerenciada pelo coronel da Guarda Nacional, Paulo Saldanha. Eram os barracões "Rodrigues Alves", "Santa Cruz", "Renascença" e outros localizados próximos ao Forte Príncipe da Beira. Nada mais havia, a não ser índios arredios que habitavam a região e, de quando em vez, atacavam os exploradores da seringa, que iam à represália procurando dizimá-los, criando rixas entre os grupos e subgrupos dos jauis, tupis, hauris e outros, sendo os pacaás-novos, do grupo jaru, os mais aguerridos nos combates contra os colonizadores extrativistas.
Em 26 de junho de 1922, através da Resolução 879, o presidente da Província de Mato Grosso transformou a povoação de Espiridião Marques em distrito de paz do município de Santo Antônio do Rio Madeira. Quatro anos mais tarde, em 12 de julho de 1926, a povoação foi elevada à categoria de cidade, por ato assinado também pelo então presidente da Província de Mato Grosso, Mário Correa da Costa. Em 12 de julho de 1928, pela Lei 991, assinada pela mesma autoridade, o distrito foi elevado à categoria de município e comarca com área desmembrada do município de Santo Antônio do Rio Madeira, tomando o nome de Guajará-Mirim, já usualmente designado pela população. O município foi oficialmente instalado em 10 de abril de 1929.
Em 13 de setembro de 1943, pelo Decreto-Lei 5 812, o município de Guajará-Mirim passou a fazer parte integrante do Território Federal do Guaporé, criado nessa data. No dia 21 de setembro do mesmo ano, pelo Decreto-Lei 5 839, a sua área territorial, somada a uma parte da área territorial do município de Mato Grosso-MT (ex-Vila Bela da Santíssima Trindade), passou a compor o novo município de Guajará-Mirim. Esta composição territorial e sua confirmação definitiva como parte integrante do Território Federal do Guaporé se deu em 31 de maio de 1944 através do Decreto-Lei 6 550.
Por intermédio do Decreto-Lei 7 470, de 17 de abril de 1945, o município de Guajará-Mirim e o município de Porto Velho passaram a fazer parte como os dois únicos municípios da divisão administrativa e judiciária do Território Federal do Guaporé.
No início de 1970 foi fechada a Estrada de Ferro Madeira Mamoré, devido vários fatores dentre eles os altos gastos para o governo federal.
De 1970 a 2010 assumiram vários prefeitos em Guajará-Mirim, dentre eles Francisco Nogueira, Rui Almeida, Isaac Benesby, Bader Massud, Claudio Pilon, Dedé de Melo e Atalíbio Pegorini.
Guajará-Mirim deve muito a Isaac Benesby pois foi ele que abriu a BR 425, que liga Guajará-Mirim a BR 364 que vai até Porto-Velho.
Entre 2005 a 2008, a justiça caça o diploma de prefeito de Claudio Pilon e este é afastado da prefeitura, e quem assume é o segundo José Mario de Melo.
Em 2009 assume a prefeitura José Atalíbio Pergorini com apoio do governo estadual Ivo Cassol e Miguel Sena.
Em 2013 assumiu a prefeitura de Guajará-Mirim o prefeito Dúlcio Mendes, com o compromisso de administrar a Pérola do Mamoré, dentre os maiores desafios do novo prefeito é tirar a prefeitura do CADIN.
área do município: 24.855,652 km²
população do município: 46.230 habitantes (est. 2014)
Sua população estimada em 2014 é de 46. 203 habitantes, sendo assim, o oitavo município mais populoso do estado.
Os povos indígenas são variados: dentre eles, o mais destacado em Guajará-Mirim é o povo indígena Wari, dentre eles os Oro Waram, Oro Nao, Oro Mon, Oro At e outros. Possuem várias aldeias dentre elas; Lage Velho, Lage Novo, Sagarana, Capoeirinha, Tanajura, Ricardo Franco, Rio Negro Ocaia, Sotério, Baia das Onças, Graças a Deus, Limoeiro e outros.
Vários descendentes de quilombolas do Vale do Guaporé, dentre eles dos Quilombos de Santo Antônio do Guaporé, Pedras Negras, Paudólio, Comunidade de Jesus e de Vila Bela da Santíssima Trindade.
Existem em Guajará-Mirim vários descendentes de nordestinos dentre eles pernambucanos, alagoanos, cearenses, paraibanos e outros.
Há vários bolivianos e descendentes de bolivianos que existem em Guajará-Mirim advindos de várias partes da Bolívia Equatorial.
Existem atualmente 17 bairros em Guajará-Mirim dentre eles; Centro, Santa Luzia, 10 de Abril, Jardim das Esmeraldas, Próspero, Fátima, Triangulo e outros.
Este município possui dois distritos dentre eles: Distrito do Iata e o Distrito de Surpresa na margens do Rio Mamoré.
Várias religiões existem em Guajará-Mirim sendo predominada o Cristianismo sendo divido entre católicos romanos e protestantes evangélicos dentre eles: Batistas, Presbiterianos, Assembleia de Deus, Adventistas do Sétimo Dia, Quadrangular, Metodistas Wesleianos e outros.
A Ilha de Guajará-mirim, conhecida na Bolívia como Isla Suárez, é uma ilha localizada no rio Mamoré, na Amazônia. A soberania da ilha é objeto de contenda passiva entre os governos do Brasil e da Bolívia, que a administra de facto. A ilha é parte do departamento boliviano de El Beni (Na verdade, a ilha está mais próximo da Bolívia para o Brasil); segundo o governo brasileiro, ela pertence ao município de Guajará-Mirim, no estado de Rondônia.
A área foi demarcada pelo Tratado de Ayacucho, a 27 de março de 1867, que, em seu artigo 2º, declara:
(…) [A fronteira entre o Brasil e a Bolívia] baixará [pelo rio Verde] até á sua confluencia com o Guaporé e pelo meio deste e do Mamoré até ao Beni, onde principia o Rio Madeira.(…)
A fronteira nesta área foi demarcada em 1877, estabelecendo-se lá a empresa boliviana Irmãos Suarez em 1896. O Tratado de Petrópolis, em 17 de novembro de 1903, confirmou o mesmo limite estabelecido em 1867. Em 1 de abril de 1930, a legação brasileira em La Paz reclamou pelo que considerava uma inadequada ocupação da ilha. Em 1937, o governo da Bolívia emitiu um relatório mostrando uma proximidade maior da ilha ao lado boliviano, que foi rejeitado pelo Brasil. Em 1955, o Brasil teve a intenção de estabelecer um posto policial na ilha, mas não levou o projeto a cabo.
Em 29 de março de 1958, foi assinado um acordo entre os dois países chamado Acordo de Roboré, no qual, além da resolução de outras questões em litígio, foi acordado, no futuro, resolver a disputa sobre a soberania da ilha Suárez. Esta convenção foi ratificada pelo Congresso Brasileiro em 30 de novembro de 1968. No seu artigo 4º, estabelece que:
O Governo do Brasil concordou com o Governo da Bolívia a fim de examinar outra vez a questão sobre o estatuto jurídico da ilha de Guajará Mirim (Isla Suárez).
A ilha continua, em 2009, sem uma solução definitiva acerca de sua posse territorial, e permanece de fato sob administração boliviana. Mais de 80 ilhas nos rios Guaporé e Mamoré ainda têm de ser atribuídas a um ou outro país.
A ilha tem uma área de 2,58 km², com um comprimento de 3,3 km de comprimento por 1,1 km de largura e um perímetro de 7,9 km. Há também duas minúsculas ilhotas situadas na parte oriental, com uma área de 5,3 e 6,4 m² cada uma, com a maior localizada a sul.
